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未知的年代，神给世人以天罚——第一次浩劫，七日七夜的洪水中只有两个人乘诺亚方舟活了下来。
西历2000年9月13日‘第二次冲击’发生，在南极大陆上发生了一起给地球带来巨大浩劫的异变。
立时，海面水位上升，地轴扭曲，天灾四起，经济瓦解……
几日内，世界人口锐减了二分之一……
南极，成为了宁静的残亡地域。
人类，并未象恐龙那样灭绝，但复兴的工作，却无比严峻。
饱受了惊惶与疲劳的人们，将这场灾难沉重的浩劫，称之为‘第二次冲击’。
第二次冲击发生于2000年，原因是由于人类对位于南极大陆深层的白之月中沉睡的亚当进行接触实验的过程中，因实验情况失去控制导致亚当苏醒并释放其力量，引起南极地区大爆炸，海平面上升，地轴偏转，大部分地区季节发生变化。
第二次冲击的实情并没有被公开，这场人为的灾祸被天灾。
冰冷的海水中，一个少女不断的挣扎，她旁边是个中年男人，这男人抱着少女，努力将她送上唯一的救生艇上，但因为体力消耗太多的关系，他在最后却无力爬上救生艇，在看到少女脱离冰冷的海水后，这个男人脸上浮现笑容，那是是如负重的笑容，也许在他看来，只要自己的女儿平安无事。就可以了…
在远处的海水中，站立着巨大的光之巨人，它的背后展开巨大的翅膀，翻滚的海水，融化的冰川。这光之巨人身上闪动的强光炙热无比，中年男人的意识在渐渐消失前。心中暗暗想到，这一切都是人类自找的。
南极基地被毁掉了，现在应该已经没有活人了吧。就算是自己的女儿。能否存活下来都是问题，但自己能做的也只有这么多，究竟她能不能活下去，要看她的运气了。
这样就足够了吧，应该吧…？
手渐渐松开，男人的身体开始向海水中下沉，仿佛要堕入无尽的黑暗之中。
虽然不想死，但他知道这就是自己的命运，自己没有选择的余地。
“哎呀哎呀。刚刚醒来就发现糟糕的事情，你们两人是仅有的幸存者啊，看来还不晚？”逐渐失去意志的男人的手突然被抓住，接着他就被拎起，脱离冰冷的海水，暖洋洋的气息贯穿他的全身，将寒冷驱散，中年男人睁开眼，发现一个陌生的青年正在对自己微笑，他站在翻滚凶狠的海面上。那飞溅起来的海水并没有落在他身上。
黑发，黑衣，黑眼，东方人模样。
虽然全身上下都是黑色，但这个青年不知道为何，给自己一种很特殊的感觉，他背后是那个暴走的光之巨人，光照应在他的身上，让对方看起来并不像人类。
“你…谁…？”
“我是谁不重要，你就当这一切，是个梦好了。”青年笑笑，将中年人放在救生艇上，接着他发现那个黑发小姑娘正在看着自己，用很复杂的表情盯着自己。
蹲下身，青年抬起手摸摸小姑娘的脑袋，脸上依旧带着笑容：“虽然命运是最高级的借口，不过我现在还是很想说，这算命运的安排吗？这个世界，然后让我醒来，遇见你，葛城美里…”
“你，知道我的，名字…？”
“当然，因为我可是这个世界的神啊…”青年站起身，看向远处的光之巨人，脸上带着玩味的笑容：“我还真是蠢啊，当初看到你们，怎么就没想到这里是什么世界呢，亚当，夏娃，撒旦，使徒，生命树，智慧之果，生命之果，没想到我从阿礼手中得到的世界，竟然是《EVA》，亚当啊亚当，你和莉莉丝以及撒旦，还有那些背叛的使徒，是否还记得我这个神呢…？”
“嘿嘿…”汹涌的海浪，无法压制低沉的笑声，黑发青年就这样盯着光之巨人笑着，笑着，而在救生艇上的少女看着对方，直到自己昏过去。
“神…吗…？”
……
“唔…”一个黑发女人睁开眼，从床上爬起来，她先是用手揉揉自己的眼睛，接着摸摸胸口那个造型有点独特的十字架，脸上带着无奈的笑容：“真是的，怎么又做起这个梦了，最近好像很平凡的样子，明明连对方的样子都记不清了。”
走进洗手间洗漱，这个看上去二十岁左右的女人面对镜中的自己，嘴角牵强的笑笑，自从第二次冲击过后已经有四年了，而她就是当初那个少女，在整个第二次冲击中的南极基地，只有她和自己的父亲幸存下来，救援队说他们父女一直漂流在海上，明明已经十多天，但身体却没有出现任何异象，健康的就像正常人，而谁也无法解释他们为什么会昏迷十多天，而且在这狂暴的海水中，幸存下来。
当救援队问起这个问题的时候，她的父亲，南极基地的负责人葛城博士这样说道：“我们能活下来，是因为神的关系…”
虽然那个男人已经消失，但葛城博士并没有把一切当作梦来看待，因为他知道如果那真是梦，那自己就会一睡不起，不可能再见到自己的女儿，而且谁也无法解释自己昏迷十多天为什么在这海水中没有事，除那个男人，他实在想不到别的解释。
神吗？
也许他并不是神，但葛城博士却希望他就是传说中的神，既然连亚当都已经出现，那创造这个世界的神，为什么不能有？
虽然救援队觉得他们惊吓过度，并没有相信葛城博士的理由，但葛城博士和葛城美里并没有去证明什么。从那个时候开始，她与自己的父亲就开始相信这个世界上有神的存在，而胸前的十字架，也是按照记忆中，看到那个男人心脏部位的饰品后仿制出来的。那是缠绕着蛇的十字架。
在日后，葛城博士开始研究死海文书。在死海文书的最后一段这样写到：“神，行走于世间…”
因为这句话的关系让葛城博士更加相信那个男人就是所谓的‘神”所以在后来他将自己的女儿托付给朋友赤木直子照顾。自己踏上寻找神的旅程。说实话自从第二次冲击结束后，葛城博士就跟变了一个人一样，他仿佛宗教中最狂热的信徒，他觉得自己能够幸存下来，是神的安排，自己有一些特殊的事情要去做。
洗漱完毕后，葛城美里习惯性的打开电话听取留言，基本上除自己的几个好友外，留言最多的就是自己那个失踪多年的父亲。说实话现在葛城美里都有点想笑，如果对方真是神，那凭借自己的父亲能找到对方吗？就算死海文书中说神行走在这个世界，但只要他不愿意，有谁能找到对方？
“美里，我有了最新的发现！我已经发现对方的行踪，如果没有错的话，他应该已经前往新东京，他和四年前的容貌没有任何变化，你应该还记得对方的样子吧。我马上就回去，你要是真的发现他，无论如何也要确定他的行踪！”最后一条留言让葛城美里愣住，自己父亲找到对方的行踪了？而且，对方还在新东京？
话说，这事是不是有点太巧了？
就在她想要给自己父亲打电话的时候，突然有人敲响房门，她开口说道：“门没锁。”
“你刚醒？今天没有课吗？”走进房间的是葛城美里在大学的好友，赤木律子，这位美女继承了母亲的科研天赋，虽然现在只有二十岁，但已经开始加入各种研究，甚至已经成为主要人员之一。
“嗯，上午没什么课，你呢？”赤木律子比葛城美里要大一岁，所以两人并非一个年级，不过这并不妨碍两人之间的感情，虽然是好友，但双方的性格却是两个极端。
赤木律子的性情有些冷淡，而且具有科学家特有的过度理性和神经质。
很喜欢猫，同时也喜欢吸烟。她的心中也有着不为人知的过去，对母亲的感情非常复杂，一方面她并不喜欢自己的母亲，另外一方面她却在重复着与母亲一样的人生。
在大学时代就认识葛城美里和加持良治，她的性格也和美里形成了鲜明的对比。
后来她将原本的棕发染成金发，以撇除从前不起眼的小女孩形象，与葛城不同的是，她宁可EVA牺牲驾驶员也要完成任务，这种冷酷性格和碇源堂不惶多让。
除了碇源堂和冬月耕造外，她是唯一完全清楚知道NERV计划的实际目的的NERV成员。
而葛城美里性格豪迈爽朗，粗枝大叶，生活习惯也是奇差无比。平时酷爱喝啤酒，且为豪饮。在家里随处可见啤酒罐，平时酷爱喝啤酒，且为豪饮，在家里随处可见啤酒罐，不擅家务。
比起作战计划，她更在乎驾驶员的安全，这从后面的剧情中不难看出，不过为什么两个性格完全不同的人会成为好友，果然是同性相斥，异性相吸？好吧，这个比喻貌似有些不恰当啊。
“我也差不多，这几天的研究项目并不重要，我也能稍微放松一下，话说你和加持发展的怎么样？”
“我说过好多次，我和加持没有任何关系，你为什么总是喜欢把我们两个扯到一起？”正在穿衣服的葛城美里有些无奈，她的确跟加持良治的关系很要好，但这只局限为朋友关系，她更没想过要将对方当成恋人来发展，因为四年前的事件，让某个男人的身影深深烙印在她的心中，说实话她很期待与对方的下次见面。
“诶，难道你对加持没有感觉吗？他很优秀啊，我觉得你跟他在一起，会很合适的。”赤木律子点着烟这样说道，看她抽烟的模样，葛城美里有些无语，自从自己这位好友染发并开吃抽烟后。就变得和原来不太相同，原来的赤木律子并不起眼，看上去就像学校的优等生，安安静静的那种，但也不知道她突然发什么疯。去染发，去学抽烟。然后去学着和别的男人**，不过现在她的样子的确比原来更招惹眼球了。
“你要是喜欢加持，就去自己追求。别在这把我往上推。”
“加持可不是我的菜啊。比其他，我更喜欢另一种类型，比如说看上去很平静，很给人舒服那种感觉，加持看上去实在有些太浪荡了。”
“平静？我觉得你是喜欢冷漠，甚至是冷酷的类型吧？”葛城美里这样说道，接着她拿走赤木律子手中的香烟，继续说道：“以后不准在我的房间内抽烟，我说过很多次了。今天难的没课，我们去转转吧。”
“我是无所谓了，不过这城市还有什么好转的？”赤木律子摇摇头站起身，两人离开房间，就在她们离开的时候，房间内的电话突然响起，在持续一段声音后，电话出现声音。
“你好，我是葛城美里，现在我不在家。如果有事可以在听到‘哔’声后留言，我回来后会给您回电。”
“喂喂，美里吗？我是爸爸，我现在停留在德国，无法赶回去了，但是你必须要留意，那个人的确已经出现在新东京，我的朋友在刚刚给我打来电话，他在第二东京大学出现，这不就是你的学校吗？你一定要留意身边每一个人，我会解决这里的事情后立刻赶回去，就这样。”
也许这就是所谓命运的安排？
葛城美里和赤木律子走在学院中，在第二次冲击中，人类的数量锐减二分之一，许多城市都已经变成废墟，不过人类还是顽强的生存下来，这新东京就是最好的证明，末日并没有让人类绝望，他们没有成为继恐龙之后，灭亡的‘主人’。
“那边发生什么事吗？”看着远方的人群，赤木律子这样问道，不知道为什么在学院的大门围着很多人。
葛城美里表示不知，两人挤进人群，发现一个青年正在和保安对峙。
“抱歉这位先生，你必须拿出自己的证件才能进入，今天我并没有接到有新老师到来的消息。”门卫相当的尽职，因为第二次冲击的关系，现在各个重要的地方已经施行监管，而东京第二大学更是聚集目前日本幸存者的精英，门卫根本不可能让一个身份不明的人进入，就算他说自己是这里新任教师。
“呃，真的抱歉，证件什么的我真的不知道放在什么地方了，如果可以，你现在可以联系院长，他会证明我的身份。”青年有些不好意思微笑的说道，不过门卫却摇摇头。
“院长正在欧洲举行一个重要会议，要不您等院长回来后，再来？如果他能证明您的身份，我会给您道歉。”门卫依然没有退让，虽然他不能让对方随便进入，但他也不愿意找对方麻烦，毕竟能进入东京第二大学教学的人都不简单，不是他这小小门卫能够得罪的。
“你们有他的电话吗？不行我给他打过去？真是麻烦啊，小灵梦，你究竟把阿爸的证件放到什么地方了。”青年对身边一个穿着红白色长裙，看上去有点像巫女装的小姑娘这样说道，这个看上去只有五六岁的小姑娘抓着男人的衣角，脸上带着很天真很纯，很治愈的笑容。
“灵梦忘记了，阿爸对不起。”小灵梦有些不好意思的说道，自己把阿爸的东西给弄丢，实在是有些不对，早知道自己就不毛遂自荐的帮助阿爸拿东西，所以说道最后双眼有些发红，水迹开始在眼眶里打转。
“噢噢，不哭不哭，没救没了，我们等院长回来再来好了，请问附近有旅馆吗？刚刚到新东京，人生地不熟的…”
“有！我可以带你去！”黑发青年的话还没说完，人群中就传来这句话，接着身穿红色皮衣，短裙，一头黑发的葛城美里推开人群走出来，她看着青年继续说道：“我知道附近哪里有旅馆，我可以带你去！”
“呃…”看到葛城美里，青年一派额头，记忆中对方的确是在东京第二大学上的大学，也许因为时间太久的关系，他才忘记这种小小的设定，看到已经变成御姐的葛城美里，青年笑着说道：“四年未见，你长大了，当初的你还是一脸青涩的样子呢，话说你父亲还好吗？”
青年的一句话让葛城美里的身体顿住，然后开始颤抖，果然没错，这个男人就是四年前在第二次冲击中救下自己和父亲的男人，那个自称这个世界‘神’的男人！
对方的样子果然没有变化，还是和当年一样，看上去只有二十岁左右，脸上带着平静温和的笑容，依然穿着黑色的衣服，除了上面没有繁琐的饰品外，都和四年前如出一辙。
“上次忘记自我介绍了，我叫雷哲。”男人笑着身处右手，等待葛城美里的回应，他原本友好的态度，却让对方连连后退，因为与其他人不同，葛城美里知道雷哲的身份，所以他不敢去和对方有什么解除。
“阿爸阿爸，这个大姐姐好像很怕你呦。”(未完待续)